Inés Samperi, titulada en el Màster en Enginyeria Agronòmica (MENAG) de la Universitat de Lleida (UdL), ha guanyat el 3r Premi d’Excel·lència al millor Treball Final del Màster (TFM) en Enginyeria Agrònoma que atorga el Col·legi d’Enginyers Agrònoms de Catalunya. Aquest reconeixement, patrocinat pel Institut de Recerca i Tecnologia Agroalimentàries (IRTA) i dotat amb 2.500 euros, li ha estat concedit pel seu TFM titulat ‘Estrategias de identificación de variantes asociadas a carácteres productivos, mediante chips o secuenciación a baja cobertura en el porcino’, tutoritzat pels investigadors Roger Ros i Joan Estany del grup de recerca de Millora Animal (Animal Breeding) d’Agrotecnio-UdL.
En aquesta entrevista, Inés Samperi i Roger Ros expliquen en què ha consistit aquest treball i les seves principals aportacions a l’àmbit de la recerca genètica aplicada al sector porcí.
Inés Samperi: “El grup de Millora Animal em van fer sentir part de l’equip des del primer dia”
Què suposa per a tu haver rebut el premi al millor TFM del Col·legi d’Enginyers Agrònoms de Catalunya?
Per a mi és tot un privilegi haver guanyat aquest premi del Col·legi d’Enginyers Agrònoms de Catalunya. No em podia imaginar una millor manera d’haver acabat el Màster.
Explica’ns de què tracta el teu TFM i quins problemes en la recerca i en concret del sector porcí aborda.
El meu treball de màster es divideix en tres apartats relacionats entre si. En el primer apartat vam fer un estudi d’associació genòmica en què relacionàvem les mesures de pH amb els genotips per identificar gens que determinen el pH, important per a la qualitat de la carn. En el segon apartat es van comparar dues tecnologies de genotipat: els xips de genotipat i la seqüenciació massiva del genoma a cobertures baixes i moderades. Actualment el cost de seqüenciació continua sent molt elevat, i per això en aquest treball vam voler comprovar quina era la precisió i fiabilitat de les dades a l’reduir la cobertura de seqüenciació (reduint el cost paral·lelament). En l’últim apartat fem servir simulacions per determinar quines són les millors estratègies per generar dades genòmiques precises usant aquestes dues tecnologies amb un esforç d’inversió determinat. En aquest apartat analitzem diversos paràmetres com la cobertura de seqüenciació, la densitat del xip, o el percentatge de la població analitzada amb xip. D’altra banda, variem el pressupost inicial de partida i com repartir el capital entre ambdues tecnologies.
Els resultats del teu TFM, quines solucions aporten en el seu àmbit?
Per mitjà d’aquest treball es va comprovar la viabilitat de treballar a cobertures baixes (2-5x), el que permet reduir costos. Es va comprovar que amb una cobertura de seqüenciació de 5x s’aconsegueix detectar un elevat percentatge de les variants presents en l’animal amb una elevada fiabilitat. No obstant això, es va comprovar que quan l’aplicació de tècniques d’imputació és viable es pot reduir la cobertura a 2x. Per poder aplicar aquestes tècniques d’imputació, cal haver genotipat mitjançant xips el major nombre possible d’animals. Amb pressupostos limitats, és més beneficiós invertir en xips de genotipat que en seqüenciació, i només quan ja es disposa d’un nombre elevat d’animals genotipats amb xip, es pot pensar en seqüenciar.
Com valoraries aquesta experiència i què pot aportar al teu futur laboral? Ha canviat la teva visió sobre la recerca científica?
Ha estat una gran experiència tant a nivell professional pel que he après en el món de la genètica i investigació com a nivell personal, per haver tingut la sort de treballar en el grup de Millora Animal, on em van fer sentir part de l’equip des del primer dia. He pogut aprendre coses que mai vaig pensar que seria capaç d’entendre. A mi sempre m’ha agradat la investigació científica, però després d’aquesta experiència encara veig més important la inversió en ciència i investigació. El progrés ve de la mà de la investigació.
Imatge del TFM de Inés Samperi
Roger Ros: “Els resultats del TFM serveixen per validar la metodologia utilitzada en el nostre projecte”
Quina relació té el treball desenvolupat per l’Inés Samperi amb la recerca que desenvolupa el grup de Millora Animal d’Agrotecnio-UdL?
Aquest TFM es va desenvolupar en el marc d’un projecte on utilitzem tècniques de seqüenciació del genoma complet per identificar variants genètiques associades amb característiques de metabolisme lipídic i qualitat de la carn, en aquest cas en porcs. Els resultats del TFM serveixen per validar la metodologia utilitzada en el projecte, on seqüenciem els porcs que estudiem a cobertures moderades o baixes, per la qual cosa convenia comprovar la qualitat de les dades obtingudes amb aquesta metodologia.
Quines són les principals aportacions d’aquest TFM al coneixement científic existent sobre genotipat?
Actualment en millora animal ja fem servir dades genòmiques de forma rutinària, però generar aquestes dades té associat un cost econòmic important. Hi ha diferents tecnologies per conèixer les variants que porta cada animal i cadascuna d’elles té un cost determinat, relacionat amb la quantitat i qualitat de la informació que ens donen. També existeixen mètodes computacionals d’imputació que aprofiten les regles bàsiques de l’herència genètica per generar un gran volum de dades genòmiques a partir d’un conjunt petit d’animals seqüenciats i, per tant, amb una inversió limitada. En el seu TFM la Inés ha comparat la capacitat de dues tecnologies, xips de genotipat i seqüenciació de nova generació, per detectar i analitzar les variants genètiques presents en el genoma dels animals d’una població ramadera, i també ha explorat estratègies per implementar aquestes dues tecnologies de forma eficient aprofitant aquests mètodes d’imputació. Aquestes dades posteriorment permeten identificar gens i marcadors associats a característiques d’interès productiu i seleccionar aquells animals amb major aptitud genètica per a una producció ramadera eficient.
Aquest TFM, obre la porta a noves línies de recerca, articles o estudis en el vostre grup?
Els resultats del TFM confirmen que la seqüenciació amb la cobertura realitzada és un mètode vàlid per identificar amb suficient certesa les variants genètiques. Actualment estem utilitzant aquesta informació per realitzar escanejos del genoma complet per una sèrie de caràcters i identificant variants genètiques que validarem en un major número d’animals per confirmar els seus efectes i entendre els processos biològics que determinen la qualitat de la carn.
Vídeo de l’acte d’entrega del premi: https://www.youtube.com/watch?v=cnxxI369MbA